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Human Gene Set: SCHERER_PBMC_YF_VAX_OR_APSV_WETVAX_AGE
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Standard name | SCHERER_PBMC_YF_VAX_OR_APSV_WETVAX_AGE_18_40YO_JOINT_TO_VACCINIA_AND_YELLOW_FEVER_DN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Systematic name | M40908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Brief description | Genes down-regulated in peripheral blood mononuclear cell post-vaccination vs pre-vaccination in adults (18-40) after exposure to YF-Vax or APSV Wetvax (identical responses) , time point anyD. Comment: Significantly Modulated Genes Common to Vaccinia and Yellow Fever Vaccination | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full description or abstract | Gene expression in human peripheral blood mononuclear cells was systematically evaluated following smallpox and yellow fever vaccination, and naturally occurring upper respiratory infection (URI). All three infections were characterized by the induction of many interferon stimulated genes, as well as enhanced expression of genes involved in proteolysis and antigen presentation. Vaccinia infection was also characterized by a distinct expression signature composed of up-regulation of monocyte response genes, with repression of genes expressed by B and T-cells. In contrast, the yellow fever host response was characterized by a suppression of ribosomal and translation factors, distinguishing this infection from vaccinia and URI. No significant URI-specific signature was observed, perhaps reflecting greater heterogeneity in the study population and etiological agents. Taken together, these data suggest that specific host gene expression signatures may be identified that distinguish one or a small number of virus agents. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Collection | C7: Immunologic Signature VAX: HIPC Vaccine Response |
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Source publication | Pubmed 17651872 Authors: Scherer CA,Magness CL,Steiger KV,Poitinger ND,Caputo CM,Miner DG,Winokur PL,Klinzman D,McKee J,Pilar C,Ward PA,Gillham MH,Haulman NJ,Stapleton JT,Iadonato SP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Exact source | Table 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Related gene sets |
(show 14 additional gene sets from the source publication)
SCHERER_PBMC_APSV_WETVAX_AGE_18_32YO_2_TO_4DY_DN SCHERER_PBMC_APSV_WETVAX_AGE_18_32YO_2_TO_4DY_UP SCHERER_PBMC_APSV_WETVAX_AGE_18_32YO_50_TO_60DY_DN SCHERER_PBMC_APSV_WETVAX_AGE_18_32YO_50_TO_60DY_UP SCHERER_PBMC_APSV_WETVAX_AGE_18_32YO_5_TO_7DY_DN SCHERER_PBMC_APSV_WETVAX_AGE_18_32YO_5_TO_7DY_UP SCHERER_PBMC_APSV_WETVAX_AGE_18_40YO_5_TO_7DY_DN SCHERER_PBMC_APSV_WETVAX_AGE_18_40YO_5_TO_7DY_UP SCHERER_PBMC_APSV_WETVAX_AGE_18_40YO_JOINT_TO_VACCINIA_AND_YELLOW_FEVER_UP SCHERER_PBMC_YF_VAX_AGE_18_40YO_4_TO_7DY_DN SCHERER_PBMC_YF_VAX_AGE_18_40YO_4_TO_7DY_UP SCHERER_PBMC_YF_VAX_AGE_18_40YO_ANYD_DN SCHERER_PBMC_YF_VAX_AGE_18_40YO_ANYD_UP SCHERER_PBMC_YF_VAX_AGE_18_40YO_JOINT_TO_VACCINIA_AND_YELLOW_FEVER_UP |
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External links | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2211276/table/T2/ |
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Filtered by similarity ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source species | Homo sapiens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Contributed by | HIPC SIGNATURES (NIAID/HIPC SIGNATURES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source platform or identifier namespace |
HUMAN_GENE_SYMBOL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dataset references | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Download gene set | format: grp | gmt | xml | json | TSV metadata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Compute overlaps ? |
(show collections to investigate for overlap with this gene set)
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Compendia expression profiles ? |
NG-CHM interactive heatmaps (Please note that clustering takes a few seconds) Legacy heatmaps (PNG) |
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Advanced query | Further investigate these 23 genes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene families ? | Categorize these 23 genes by gene family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Show members |
(show 23 source identifiers mapped to 23 genes)
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Version history | 7.3: First Introduced. |
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