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[about the MSigDB Human collections]

  • H (hallmark gene sets, 50 gene sets)
  • C1 (positional gene sets, 302 gene sets)
  • C2 (curated gene sets, 7411 gene sets)
    • CGP (chemical and genetic pertubations, 3494 gene sets)
    • CP (canonical pathways, 3917 gene sets)
  • C3 (regulatory gene sets, 3713 gene sets)
    • MIR (microRNA targets, 2598 gene sets)
    • TFT (all transcription factor targets, 1115 gene sets)
      • TFT:GTRD (GTRD transcription factor targets, 505 gene sets)
      • TFT:TFT_LEGACY (legacy transcription factor targets, 610 gene sets)
  • C4 (computational gene sets, 1006 gene sets)
    • 3CA (Curated Cancer Cell Atlas gene sets, 148 gene sets)
    • CGN (cancer gene neighborhoods, 427 gene sets)
    • CM (cancer modules, 431 gene sets)
  • C5 (ontology gene sets, 16107 gene sets)
    • GO (Gene Ontology, 10454 gene sets)
      • GO:BP (GO biological process, 7608 gene sets)
      • GO:CC (GO cellular component, 1026 gene sets)
      • GO:MF (GO molecular function, 1820 gene sets)
    • HPO (Human Phenotype Ontology, 5653 gene sets)
  • C6 (oncogenic gene sets, 189 gene sets)
  • C7 (immunologic gene sets, 5219 gene sets)
    • IMMUNESIGDB (ImmuneSigDB gene sets, 4872 gene sets)
    • VAX (vaccine response gene sets, 347 gene sets)
  • C8 (cell type signature gene sets, 840 gene sets)

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